Карлос Муньос остаётся в команде Andretti Autosport в 2016 году, где он продолжит выступать за рулём Honda №26. Он будет напарником Райана Хантера-Рея и Марко Андретти. Таким образом, основной состав команды остаётся прежним.
Карлос Муньос одержал свою первую победу в карьере в серии IndyCar в укороченной из-за грозы первой гонке седьмого этапа - Гран При Детройта на острове Белл. Эта победа стала первой в этом сезоне для команды Andretti Autosport.
